Funkcje beneficjenta systemowego może pełnić wskazana odrębna jednostka lub komórka organizacyjna (np. departament) danej instytucji lub urzędu. Istnieje również możliwość realizowania projektów systemowych przez:
- jednostkę lub komórkę organizacyjną pełniącą obowiązki IP2 – jeśli została wyznaczona
- jednostkę lub komórkę organizacyjną pełniącą obowiązki IP 2