Komisja Oceny Projektów (KOP) dokonuje oceny merytorycznej projektów. Ocena komisji stanowi podstawę do ułożenia listy rankingowej projektów rekomendowanych do akceptacji dyrektorowi Instytucji Wdrażającej. W skład komisji wchodzą przedstawiciele danej Instytucji Wdrażającej. Mogą w niej także uczestniczyć niezależni eksperci.