Wnioski o dofinansowanie złożone na konkurs podlegają procedurze oceny oraz wyboru. Ocena składa się z kilku etapów.
 
Etap pierwszy: ocena formalna
Kryteria oceny formalnej zawarte są każdorazowo w dokumentacji konkursowej i są zgodne z Zasadami dokonywania wyboru projektów w ramach POKL. W dokumentacji konkursowej zawarte są ogólne kryteria formalne jednakowe dla wszystkich konkursów. Oceniający projekt sprawdza m.in., czy wniosek jest kompletny, wypełniony zgodnie z instrukcją, złożony do odpowiedniej instytucji, podpisany, czy roczny obrót podmiotu składającego wniosek (i ewentualnie jego partnerów) jest równy lub wyższy od najwyższych rocznych wydatków w projekcie.
Do weryfikacji kryteriów formalnych oceniającemu służy karta oceny formalnej, która załączona jest do dokumentacji konkursowej.
Ocenie formalnej podlegają również kryteria dostępu, które są różne w poszczególnych konkursach. Uściślają np. okres realizacji projektu, grupę docelową, wartość projektu. Kryteria dostępu zawarte są w dokumentacji konkursowej.
Ocena formalna ma charakter zerojedynkowy. W jej wyniku wniosek może zostać odrzucony, skierowany do poprawy lub uzupełnienia lub przekazany do dalszej oceny.
 
Etap drugi: ocena merytoryczna
Oceną merytoryczną, czyli treści wniosku, zajmuje się Komisja Oceny Projektów. Ocena ta opata jest o ogólne kryteria merytoryczne, kryteria horyzontalne (których spełnianie jest obowiązkowe) oraz kryteria strategiczne, jeśli takie zawarte są w dokumentacji konkursowej (nieobowiązkowe, premiowane dodatkową liczbą punktów). Oceniana jest m.in. spójność wniosku, przedstawienie sytuacji problemowej, uzasadnienie wyboru grupy docelowej oraz jej charakterystyka, przedstawienie celów projektu oraz zadań planowanych w projekcie, budżet projektu oraz potencja Projektodawcy. Do oceny służy karta oceny merytorycznej, która załączona jest do dokumentacji konkursowej.
Za spełnienie kryteriów merytorycznych można otrzymać maksymalnie 100 pkt, a strategicznych – maksymalnie 40 pkt, jeśli takie zostały określone w dokumentacji. Wniosek otrzymuje pozytywna ocenę merytoryczną, kiedy uzyska 60% pkt ogółem oraz 60% pkt w poszczególnych punktach oceny merytorycznej.
 
Etap trzeci: lista rankingowa
Po zakończeniu prac Komisji Oceny Projektów sporządzana jest lista rankingowa wniosków, które przeszły pozytywnie ocenę merytoryczną. Zawiera ona nazwy podmiotów, które brały udział w konkursie, tytuły projektów, wartość dofinansowania, zdobyte punkty. Projekty, które mogą zostać przyjęte do realizacji, kierowane są do negocjacji z instytucją ogłaszającą konkurs. Jeśli projekt został oceniony negatywnie, projektodawca może złożyć protest do instytucji organizującej konkurs. W przypadku jego odrzucenia można złożyć odwołanie do instytucji nadrzędnej. Procedura odwoławcza opisana jest w dokumentacji konkursowej oraz w Zasadach dokonywania wyboru projektów w ramach POKL.
 
Etap czwarty: negocjacje
Projektodawca, którego wniosek otrzymał pozytywną ocenę merytoryczną, może podjąć z Instytucją Pośredniczącą II stopnia (czyli WUP w Zielonej Górze w przypadku Priorytetu VI dla woj. lubuskiego) negocjacje. Mogą one dotyczyć zmian w zakresie merytorycznym, a także budżetu projektu.
 
Etap piąty: umowa o dofinansowanie
Projektodawca, którego wniosek został przeznaczony do dofinansowania oraz który z wynikiem pozytywnym zakończył negocjacje, zostaje zaproszony do podpisania umowy o dofinansowanie. Przed podpisaniem umowy Projektodawca zobowiązany jest dostarczyć wszystkie wymagane dokumenty (załączniki). Ich wykaz znajduje się w dokumentacji konkursowej.