Zgodnie z przepisami ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz.U.06 nr 227, poz. 1658 z późn. zm.) projekty systemowe polegają na realizacji zadań publicznych przez podmioty działające na podstawie odrębnych przepisów, w zakresie określonym przepisami prawa i dokumentami strategiczno-programowymi przyjętymi przez Radę Ministrów. W ramach PO KL, projekty systemowe (nie dotyczące pomocy technicznej) mogą być realizowane przez beneficjentów wskazanych w Szczegółowym Opis Priorytetów Programu Kapitał Ludzki i/lub właściwym Planie działania.

Funkcje beneficjenta systemowego może pełnić wskazana odrębna jednostka lub komórka organizacyjna (np. departament) danej instytucji lub urzędu. Istnieje również możliwość realizowania projektów systemowych przez: